Il réalise en outre de nombreuses de collaboration avec le théâtre, Hubert Colas, Jean-Claude Berutti, Peter Palitzsch…, la danse, Odile Duboc, collectif Skalen, et les arts plastiques, Piotr Klemensiewicz, Sandy Amério, Lionel Scoccimaro, Richard Baquié..., l’image, Laure Verluise, Salvo Cuccia, José Cesarini… Il se produit en solo et dans différentes formations, AMP (Trio de guitares, Akchoté / Montera / Pauvros), The Room (Duo avec Sophie Gonthier), Meditrio (avec les musiciens médiévistes Julien Ferrando - clavicythérium / Jean-Michel Robert - théorbe et électronique), The Invisible Ensemble (avec Famoudou Don Moyé de l’Art Ensemble of Chicago, Paul Elwood, Emmanuel Cremer, Simon Sieger, Thomas Weirich). Il a fondé l’Ensemble d’Improvisateurs Européens autour d’Hans Koch, Thomas Lehn, Hélène Breschand, Dan Vandewalle, Lelio Giannetto, Chris Cutler et Taavi Kerikmaé. Cet ensemble est spécialisé dans l’interprétation des partitions graphiques de compositeurs du XXème siècle (Cardew, John Cage, Earl Brown…) et la commande auprès de compositeurs actuels (Pierre-Yves Macé et Annette Schlünz). Il a également collaboré avec Fred Frith, André Jaume, Barre Phillips, Pascal Contet, Gérard Siracusa, Floros Floridis, Paul Lovens, Thruston Moore, Lee Ranaldo, Louis Sclavis, Carlos Zingaro, Pauline Oliveros, Christian Wolff… Il est invité pour deux concerts exceptionnels avec Sonic Youth (La Villette-Paris 2007) et Patti Smith (Fondation Cartier - Paris 2009). Avec une trentaine d’albums au sein de différentes formations, son premier album solo, Hang Around Shouts, sort en 1995 sur le label FMP (Free Music Production). 

En 2011, il sort Les Anges du Péché aux côtés de Lee Ranaldo et Thruston Moore, les guitaristes de Sonic Youth, puis en 2012 le coffret 13 Impros avec Fanny Paccoud autour de treize peintres marseillais. En octobre 2013 est sorti What’s Up ? autour des femmes poètes de la Beat Generation, sur le label Signatures (Radio France). Jean-Marc Montera est le cofondateur du GRIM (Groupe de Recherche et d’Improvisation Musicales) en 1978. Il s’associe en 1999 avec l’auteur et metteur en scène Hubert Colas, pour fonder Montévidéo, centre de créations contemporaines à Marseille. La vocation de ce centre est de créer des passerelles, d’établir une interactivité entre la musique et le théâtre sous leurs formes les plus actuelles et de multiplier les confrontations entre artistes et disciplines. En 2017 il crée le D.R.I.M département de recherche pour les musiques improvisées au sein du GMEM dont il devient l’artiste associé.